Une longue tradition de coopération académique et scientifique unit les établissements d’enseignement supérieur de la Fédération Wallonie Bruxelles avec les universités et centres de recherche du Maroc. Depuis 1998, celle-ci contribue au renforcement des piliers traditionnels d’une université performante dans la perspective de préparer les jeunes marocains à relever les défis de ce 21ème siècle.

L’Université d’Abomey Calavi est un partenaire historique des universités de la Fédération Wallonie Bruxelles. Depuis 1997, un partenariat institutionnel renforce cette institution de référence au Bénin et dans la sous-région. D’autres partenaires académiques sont aussi impliqués par le biais de la recherche et de la formation, l’Université de Parakou et l'Institut Régional de Santé Publique.

Une coopération académique s’est développée dès 1999 avec l’Université Abdou Moumouni pour répondre à des enjeux spécifiques rencontrés par le Niger : les effets du changement climatique, la prévention des conflits et la sécurité alimentaire. Depuis 2014, cette coopération est complétée par un appui institutionnel destiné à relever la qualité et la pertinence de son enseignement.