Une longue tradition de coopération académique et scientifique unit les établissements d’enseignement supérieur de la Fédération Wallonie Bruxelles avec les universités et centres de recherche du Maroc. Depuis 1998, celle-ci contribue au renforcement des piliers traditionnels d’une université performante dans la perspective de préparer les jeunes marocains à relever les défis de ce 21ème siècle.

Etablie à Bujumbura, l’Université du Burundi, principal établissement public d’enseignement supérieur, est un partenaire de coopération académique depuis 2000. Tant au travers de l’appui institutionnel que des projets de recherche et de formation, les partenariats mis en place tendent à rendre à cette université une place proéminente dans l’enseignement supérieur à l’échelle locale et régionale.

L’Université d’Abomey Calavi est un partenaire historique des universités de la Fédération Wallonie Bruxelles. Depuis 1997, un partenariat institutionnel renforce cette institution de référence au Bénin et dans la sous-région. D’autres partenaires académiques sont aussi impliqués par le biais de la recherche et de la formation, l’Université de Parakou et l'Institut Régional de Santé Publique.