A Madagascar, l’Université d’Antananarivo bénéficie d’un partenariat institutionnel depuis 2014. Il répond à la nécessité de renforcer l’offre académique en vue de mieux l’adapter aux besoins de la société malgache. L’environnement est aussi le point d’attention de projets de recherche et de formation, mis en œuvre avec le Centre Universitaire Régional de la SAVA et l’Université de Toliara.

L’Université d’Abomey Calavi est un partenaire historique des universités de la Fédération Wallonie Bruxelles. Depuis 1997, un partenariat institutionnel renforce cette institution de référence au Bénin et dans la sous-région. D’autres partenaires académiques sont aussi impliqués par le biais de la recherche et de la formation, l’Université de Parakou et l'Institut Régional de Santé Publique.

En Haïti, le programme de coopération mis en œuvre avec l’Université d’Etat d’Haïti existe depuis 2002. Il s’aligne aujourd’hui sur la Vision 2030 définie par les autorités haïtiennes pour fixer les orientations stratégiques. A travers cette coopération, il s’agit de fournir à la société haïtienne les compétences nécessaires à son développement et à son intégration dans le monde contemporain.