Les premières relations de coopération académique entre les établissements d’enseignement supérieur de la Fédération Wallonie-Bruxelles et l’Université centrale d’Equateur (UCE) ont été initiées en 2014 pour répondre aux enjeux fixés par le Plan National pour le Bien Vivre. En plus de l’appui institutionnel ciblé sur cette institution, des projets de recherche sont menés avec l’EPN et la PUCE.

L’Université d’Abomey Calavi est un partenaire historique des universités de la Fédération Wallonie Bruxelles. Depuis 1997, un partenariat institutionnel renforce cette institution de référence au Bénin et dans la sous-région. D’autres partenaires académiques sont aussi impliqués par le biais de la recherche et de la formation, l’Université de Parakou et l'Institut Régional de Santé Publique.

A Madagascar, l’Université d’Antananarivo bénéficie d’un partenariat institutionnel depuis 2014. Il répond à la nécessité de renforcer l’offre académique en vue de mieux l’adapter aux besoins de la société malgache. L’environnement est aussi le point d’attention de projets de recherche et de formation, mis en œuvre avec le Centre Universitaire Régional de la SAVA et l’Université de Toliara.