L’Université d’Abomey Calavi est un partenaire historique des universités de la Fédération Wallonie Bruxelles. Depuis 1997, un partenariat institutionnel renforce cette institution de référence au Bénin et dans la sous-région. D’autres partenaires académiques sont aussi impliqués par le biais de la recherche et de la formation, l’Université de Parakou et l'Institut Régional de Santé Publique.

Les premières relations de coopération académique entre les établissements d’enseignement supérieur de la Fédération Wallonie-Bruxelles et l’Université centrale d’Equateur (UCE) ont été initiées en 2014 pour répondre aux enjeux fixés par le Plan National pour le Bien Vivre. En plus de l’appui institutionnel ciblé sur cette institution, des projets de recherche sont menés avec l’EPN et la PUCE.

La coopération académique que l’ARES mène en RDC avec le concours des universités de la Fédération Wallonie Bruxelles répond, depuis 1997, aux besoins exprimés par le monde universitaire congolais. Cela se traduit par une coopération institutionnelle avec les Universités de Kinshasa et de Lubumbashi. Plus ciblés, de nombreux partenariats académiques concernent aussi la recherche et la formation.