Les établissements d'enseignement supérieur (EES) équatoriens sont confrontés actuellement à un défi de taille. Instaurées récemment, l'évaluation et l'accréditation des institutions de leurs programmes et de leurs formations visent à garantir la qualité, l'objectivité et les standards de l'éducation supérieure. Elles visent aussi à freiner le processus de privatisation et de marchandisation de l'éducation supérieure et faire correspondre l’offre universitaire aux besoins du pays.
Dans ce contexte, l’Équateur favorise les échanges académiques nationaux et internationaux pour développer la recherche orientée vers des thèmes touchant la création des compétences permettant de passer d'un statut de pays exportateur de matière première à celui de pays générateur de valeur ajoutée. C’est ainsi que ses établissements d'enseignement supérieur cherchent à augmenter le niveau de formation des enseignants, moderniser les équipements, développer les activités de recherche. Ils cherchent aussi à mettre la recherche en adéquation avec la stratégie du pays, à renforcer l’offre de services à la société et à multiplier les partenariats.
En Equateur, l’ARES développe un programme d’Appui institutionnel à l’Université centrale d’Equateur (UCE). Initié en 2014, il porte sur un appui devant permettre à l’UCE de répondre aux enjeux fixés dans le Plan National pour le Bien Vivre : réussir la transformation de l’éducation supérieure et le transfert de connaissances, et faciliter l’accès à l’enseignement supérieur.
Son objectif principal est la qualité de l’enseignement et de la recherche mises en œuvre par cette université où il existe un potentiel de rayonnement régional, d’impact sur tout le secteur universitaire équatorien et de développement de synergies Sud-Sud.
L'ARES promeut également, depuis 2017, deux projets de recherche introduits en partenariat entre établissements d'enseignement supérieur Nord et Sud: le premier, à la Escuela Politécnica Nacional (EPN), contribuera à une gestion durable des écosystèmes andins par la protection des ressources en sols et eaux. Le deuxième projet, à la Pontificia Universidad Católica del Ecuador (PUCE), concerne les situations de violence et de souffrance psychosociale des jeunes.
À cela s’ajoute l’octroi de bourses à des Équatoriens pour des formations en Belgique centrées sur des problématiques de développement.