Le programme d’appui institutionnel avec l’UNIKIN a démarré en 2000. Il s’est intensifié dès 2003 avec un programme qui s’inscrivait principalement dans une logique de réhabilitation des facultés. Progressivement, cet appui a pu ramener un certain enthousiasme et de l’espoir dans un environnement universitaire qui, pendant des années, avait souffert des aléas politiques et socio-économiques.

Entre 2008 et 2013, la priorité a été donnée au renforcement des compétences, avec un programme intégré et orienté autour de trois pôles : biologie-santé publique, éco-énergie – développement et pauvreté – état de droit. 

Pour le programme 2017-2021, l’objectif a été l’amélioration de la qualité de la recherche et la diffusion de ses résultats en agissant sur la formation des chercheurs à l’UNIKIN. Ceci afin de les aider dans leur quête d’excellence et de valorisation des résultats à l’échelle nationale et internationale. Une cellule d’appui à la recherche (CAR)  a aussi été créée et a contribué à la structuration et au répertoire de la recherche, processus en cours et que l’UNIKIN s’approprie à travers la mise en place du Secrétariat Général à la Recherche (SGR)

Pour la période 2022-2027, l’objectif de l’appui institutionnel est de renforcer le leadership de l’UNIKIN et de renforcer la recherche scientifique en intensifiant la participation des chercheurs de l’UNIKIN au montage de projets thématiques et transdisciplinaires.  Le programme contribuera également à renforcer les initiatives de communication et de concertation thématique. Enfin, il envisage la valorisation de certains patrimoines scientifiques, comme la ferme expérimentale de l’UNIKIN, le Musée universitaire de l’UNIKIN sur l’histoire du Congo et le réseau des hôpitaux universitaires.